ทีมนักวิจัยในห้องทดลองลอยน้ำ แอควาติก้า กำลังล้อเล่นกับพระเจ้า และบัดนี้ความน่าสะพรึงกลัวของวันล้างโลกมาถึงแล้ว การทดลองของ ดร.ซูซาน แม็คอเลสเตอร์ (แซฟฟรอน เบอร์โรว์ส) เกือบจะเป็นการเปลี่ยนประวัติศาสตร์ทางการแพทย์ ด้วยการใช้ฉลามมาโค หนึ่งในเครื่องจักรสังหารธรรมชาติที่เร็วที่สุดและสมบูรณ์แบบที่สุด ดร.แม็คอเลสเตอร์ต้องการที่จะหาวิธี ที่จะเพาะเนื้อเยื่อสมองมนุษย์ขึ้นมาใหม่ แต่การไปถึงเป้าหมาย เธอต้อง ฝ่าฝืนจรรยาบรรณ การถ่ายพันธุ์ดีเอ็นเอของฉลาม ทำให้พวกมันฉลาดขึ้น เร็วขึ้น เปลี่ยนมันจากสัตว์อันตราย ไปเป็นสัตว์ประหลาดที่ดุร้าย
แต่แม็คอเลสเตอร์ มีสิ่งอื่นที่สร้างความวิตกกังวลมากกว่าสัตว์ทดลองอันตราย ทฤษฎีที่เป็นปัญหาของเธอก่อให้เกิดความตึงเครียด ระหว่างเธอกับเพื่อนร่วมงาน ลูกเรือแอควาติก้า หัวหน้าทีมผู้เชี่ยวชาญเกี่ยวกับฉลาม คาร์เตอร์ เบลค (โธมัส เจน) และ เชอร์แมน ดัดเลย์ (แอลแอล คูล เจ) เหตุการณ์ยิ่งบานปลายไปอีกเมื่อผู้ให้ทุนในการวิจัยรู้สึกกลัว และถูกขู่ให้ปิดกั้นชายฝั่งในของการทดลองที่ใกล้เข้ามา
ภายใต้การจับตามองของผู้สนับสนุนด้านการเงิน รัสเซลล์ แฟรงคลิน (ซามูเอล แอล. แจ็คสัน) ซูซานและทีมของเธอ ประสบความสำเร็จในการทดลอง ตัดแบ่งเนื้อเยื่อสมองจากฉลามมาโคที่ใหญ่ที่สุด เพียงแค่เสี้ยววินาทีต่อมา ฉลามร้ายได้ทำลายห้องทดลองจนพังไม่มีชิ้นดี พร้อมกับพายุโซนร้อนหมุนวนรอบๆแอควาติก้าที่กำลังจมลง บรรดานักวิทยาศาสตร์และลูกเรือพบว่า พวกเขากำลังถูกไล่ล่าจากฉลามสายพันธุ์ใหม่ที่น่ากลัวที่สุด พวกเขาต้องต่อสู้กับปีศาจร้ายที่ช่วยกันสร้างขึ้น
