เรื่องราวยามค่ำคืนอันมืดมิด โลกตื่นตระหนก เมื่อกรมตำรวจญี่ปุ่น และหน่วยสืบราชการลับของหลายประเทศ เช่น MI6 (อังกฤษ) BDN (เยอรมนี) CIA & FBI (อเมริกา) ถูกสปายจู่โจม ชิงข้อมูลลับไป สปายขโมยรถและกำลังหลบหนี
ทว่า โทรุ อามุโร่ รีบไล่ตามไป ขณะที่กำลังไล่ตามบนทางด่วน รถของสปายก็ถูกยิงโดยไรเฟิลของ อากาอิ ชูอิจิ และร่วงตกจากทางด่วนไป วันต่อมาพวกโคนันเดินทางไปที่พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำโทโตะ ที่เพิ่งปรับปรุงใหม่ที่บริเวณหน้าชิงช้าสวรรค์ส่วนกลางนั้นเอง โคนันพบผู้หญิงคนหนึ่งเดินอยู่คนเดียวและได้รับบาดเจ็บ เธอเป็นคนนัยน์ตา 2 ข้างคนละสีกัน (เป็นอาการที่เรียกว่า Heterochromia หรือ Odd Eye) ทว่าเธอกลับความจำเสื่อมจำอะไรไม่ได้ และโทรศัพท์ของเธอก็พังอยู่ พวกโคนันสัญญาว่าจะช่วยให้ความทรงจำของเธอคืนมาให้ได้ ขณะเดียวกันเบลม็อทที่เฝ้ามองเหตุการณ์ทั้งหมดอยู่ ได้ติดต่อว่า "เป็นไปตามแผนเลย... ยิน"
