อลิสัน แฮนนิแกน นำแสดงใน How I Met Your Mother ผลงานโรแมนติคคอมมิดี้ทาง CBS ที่เริ่มออกอากาศตอนแรกตั้งแต่ฤดูใบไม้ร่วง ส่วนภาพยนตร์ แฮนนิแกน ดังเป็นพลุจากบทเรียกเสียงฮาใน American Pie ทั้งสามภาค (American Pie, American Pie 2 และ American Wedding) นั่นเอง
แฮนนิแกน เริ่มแสดงใน Buffy, The Vampire Slayer ตั้งแต่ชุดปี 1997 ถึงปี 2003 โดยรับบทเป็น วิลโล่ว์ โรเซ็นเบิร์ก (Willow Rosenberg) เพื่อนซี้สุดมั่นของ บัฟฟี่ (Buffy รับบทโดย ซาร่า มิเชล เกลเกอร์ - Sarah Michelle Geller) ที่ฉลาดล้ำแต่มีอารมณ์ขันอยู่ในที
แฮนนิแกน เกิด ในวอชิงตัน ดีซี ก่อนจะย้ายไปยังแอ็ตแลนต้าตั้งแต่ 2 ขวบ เธอเริ่มอาชีพจากผลงานโฆษณาในแอ็ตแลนต้า และมีผลงานโฆษณาระดับชาติอย่างสม่ำเสมอ อาทิ Six Flags Amusement Parks, McDonalds และ Oreo Cookies จนกระทั่งอายุ 11 ขวบเธอก็ย้ายมายัง ลอสแองเจลิส พร้อมความหวังจะโด่งดังในแวดวงโทรทัศน์และภาพยนตร์
ผลงานสร้างชื่อครั้งแรกของ แฮนนิแกน เป็นภาพยนตร์เรื่อง My Stepmother is an Alien ที่เธอรับบทเป็นลูกสาวของแดน แอคครอยด์ (Dan Aykroyd) ตอนนั้นเธออายุเพียง 13 ปี เธอยังเป็นนักแสดงรับเชิญใน Picket Fences, Roseanne และ Touched by an Angel และร่วมแสดงประจำใน Almost Home กับ Free Spirit ด้วย เธอยังร่วมแสดงใน Dead Man on Campus ของ Paramount ที่นำแสดงโดย ทอม เอฟเวอร์เร็ต สก็อต (Tom Everett Scott) ด้วย
