อัลแลน ควอเตอร์เมน (ฌอน คอนเนอรี่) นักผจญภัยผู้ยิ่งใหญ่ที่สุดของโลก และเป็นผู้นำของกลุ่มซูเปอร์ฮีโร่โด่งดัง อย่างที่โลกไม่เคยเห็นมาก่อน กลุ่มพันธมิตรที่ไม่ธรรมดานี้ ประกอบไปด้วย นักวิทยาศาสตร์สมองเพชร กัปตันนีโม (นาซีรุดดิน ชาห์), แดรกคูล่าสาว ไมน่า ฮาร์เกอร์ (เปต้า วิลสัน), มนุษย์ล่องหน ร็อดนีย์ สกินเนอร์ (โทนี่ เคอร์แรน), สายลับชาวอเมริกัน นักสืบซอว์เยอร์ (เชน เวสต์), มือสังหารผู้อมตะ ดอเรียน เกรย์ (สจ๊วต ทาวน์เซนด์) และอสุรกายสองร่าง ดร.เฮนรี่ แจ็คกิล / เอ็ดเวิร์ด ไฮด์ (เจสัน เฟลมมิ่ง) โดยมี เอ็ม ผู้ลึกลับ (ริชาร์ด ร็อกซ์เบิร์ก) เป็นผู้เสาะหาสมาชิกให้กับกลุ่มพันธมิตร
สมาชิกของกลุ่มพันธมิตรแต่ละคน ที่ล้วนแต่แข็งขันนั้น ที่จริงแล้วเป็นพวกถูกเนรเทศ ซึ่งทุกคนมีอดีตที่น่าตื่นเต้น และต่างมีพรสวรรค์ไปคนละแบบ ทั้งทางดีและร้าย ในครานี้พวกเขาต้องเรียนรู้ ที่จะไว้วางใจซึ่งกันและกัน และทำงานร่วมกันเป็นทีม เพื่อความหวังของมวลมนุษย์ พวกเขาไม่มีแม้แต่เวลาที่จะเตรียมการ และไม่มีเวลาที่จะเสีย และจะต้องร่วมกันโดยสาร ไปในเรือดำน้ำที่ไม่ธรรมดา ของกัปตันนีโมที่ชื่อว่า นอติลุส เพื่อไปยังด่านหน้าของการต่อสู้ เวนิซ ประเทศอิตาลี ซึ่งที่นั้น ชายผู้บ้าคลั่งในหน้ากาก ซึ่งเป็นที่รู้จักในนาม 'แฟนธอม' วางแผนที่จะก่อวินาศกรรม ในการประชุมของผู้นำระดับโลก ด้วยการวางระเบิดโดมิโน เพื่อทำให้ทั้งเมืองจมลงสู่ใต้น้ำ
การข่มขู่นี้นับเป็นหายนะอันใหญ่หลวง ความเสี่ยงที่ทำให้ทุกอย่างรวนเร และกลุ่มพันธมิตรมีเวลาเหลือเพียง 9 ชั่วโมงเท่านั้น ที่จะปกป้องโลก
