"ฝ่ายตรงข้ามที่ฉันต้องต่อสู้ ยังคงอยู่ในเมืองนี้" ...เด็กหนุ่มตัดสินใจที่จะต่อสู้ต่อไป เพื่อปกป้องเด็กสาว สงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ที่เหล่าจอมเวท (มาสเตอร์) และจิตวิญญาณแห่งวีรชน (เซอร์วานท์) เข้าต่อสู้เพื่อนำไปสู่การครอบครอง จอกศักดิ์สิทธิ์ สงครามครั้งใหม่ได้เริ่มขึ้นอีกครั้ง ณ เมืองฟุยุกิ เมื่อ 10 ปีให้หลังจากสงครามครั้งที่แล้ว แต่แล้ว การมาของมาโต้ โซเค็น ผู้เป็นหนึ่งในสามตระกูลที่สร้างสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ทำให้สิ่งต่าง ๆ เริ่มบิดเบี้ยวและเลวร้ายยิ่งขึ้น เมื่อโซเค็นอัญเชิญเซอร์วานท์ แอสซาซินที่แท้จริงออกมา เงามืดที่ไม่มีใครรู้จักครอบคลุมเมือง สังหารเหล่ามาสเตอร์ และเซอร์วานท์ทีละคน
เอมิยะ ชิโร่ ผู้ซึ่งได้ต่อสู้ในฐานะมาสเตอร์ในสงครามครั้งนี้ได้รับบาดเจ็บและสูญเสียเซอร์วานท์ เซเบอร์ไปด้วยการตัดสินใจที่จะปกป้องมาโต้ ซากุระ เขาจึงปฏิเสธที่จะออกจากสนามรบในขณะที่ซากุระกังวลเกี่ยวกับชิโร่นั้น เธอเองก็ต้องเองพัวพันกับชะตากรรมของตนในฐานะจอมเวท "ฉันสัญญาฉันจะ ... " เขาตัดสินใจว่าจะไม่ทรยศต่อเธอ อย่างไรก็ตามความปรารถนาอันแรงกล้าของพวกเขากำลังถูกบดบังด้วยเงามืด
