เรือลึกลับซึ่งบรรทุกระเบิดลอยอยู่บนผืนทะเลยามรุ่งอรุน และเรือลำนั้นคือจุดเริ่มต้นของเรื่องราวทั้งหมด ณ ท่าเรือไมซุรุ จังหวัดเกียวโต ระหว่างการเปิดให้เข้าร่วมกิจกรรมท่องทะเลไปกับเรือรบอีจีส โดยกองกำลังป้องกันตนเอง โคนัน, รัน, โคโกโร่ และเหล่านักสืบรุ่นจิ๋ว ที่ตื่นตาไปกับการล่องเรือ แต่ทันใดนั้นก็เกิดเสียงดังสนั่นขึ้น ภายในเต็มไปด้วยความวุ่นวายในไม่ช้าก็พบศพที่แขนซ้ายหายไป!
ความตื่นตระหนกได้เพิ่มขึ้นเมื่อทราบว่าศพนั้นเป็นเจ้าหน้าที่ในกองกำลัง ป้องกันตนเอง ณ จุดเกิดเหตุมีร่องรอยอันน่าสงสัยหลงเหลืออยู่มากมาย โคนัน ที่มุ่งสู่การ สืบสวนได้พบว่ามีสปายจากต่างประเทศไหนสักแห่งที่เรียกตัวเองว่า "X" อยู่บนเรือรบลำนี้ และแท้จริงแล้ว "X" คือใครกันแน่? เกี่ยวข้องอะไรกับเรือลำนี้กันแน่? เงาของสายลับที่สะกดรอยตามพวก โคนัน ประสงค์สิ่งใดกัน การเดินเรือที่เหนือจินตนาการครั้งนี้ซุกซ่อนการก่อกบฏครั้งยิ่งใหญ่ที่สั่นสะเทือนทั้งญี่ปุ่น
เข้าฉายเฉพาะโรงภาพยนตร์ เครือ SF Cinema เท่านั้น
