ศักราชอวกาศที่ 0097 ในช่วงที่ "เหตุการณ์ลาพลัส" หรือเหตุการณ์กวาดล้างกลุ่มเศษซากของนีโอซีอ้อน ที่ถูกเรียกกว่ากลุ่ม "ปลอกแขนเสื้อ" กำลังจะถึงจุดสิ้นสุด กลุ่มคนที่เกี่ยวข้องกับศึกครั้งนั้นได้รับทราบถึงอำนาจอันทรงพลังเหนือจินตนาการของโมบิลสูทแบบฟูลไซโคเฟรม นำพาไปสู่การผนึกยูนิคอร์นขาวกับราชสีห์ดำเพื่อไม่ให้มีคนใช้พลังของโมบิลสูทดังกล่าวในทางที่ผิด
แต่ในช่วงเวลานั้น นกอมตะสีทอง หรือ RX-0 หมายเลขสาม "เฟเนกซ์" ก็ได้ออกโบยบินอยู่ในมุมหนึ่งของอวกาศ และนั่นกลายเป็นจุดเริ่มของการต่อสู้ครั้งใหม่ของผู้คนที่เกี่ยวข้องกับหุ่นยนต์สีทองเครื่องนั้น โดยเฉพาะกับคนสามคนที่เหมือนจะมีความสัมพันธ์กับโมบิลสูทสีทองอย่างลึกซึ้ง คนหนึ่งคือ มิเชล ลูโอ ทายาทของบริษัทใหญ่ที่ผู้คนเชื่อว่าเธอสามารถทำนายอนาคตได้อย่างแม่นยำ ผู้ต้องการพลังของไซโคเฟรมมาช่วยพ่อเลี้ยงของเธอ, โยน่า บาซต้า ชายหนุ่มที่เป็นนักบินของนาร์ราทีฟกันดั้ม ผู้มุ่งมั่นในการจับกุมเฟเนกซ์ และ ริต้า เบอร์นัล เด็กสาวลึกลับที่ทั้ง มิเชล กับ โยน่า สัมผัสได้ว่ามีตัวตนอยู่ในเฟเนกซ์
นอกจากนั้นแล้วทางกลุ่มเศษซากของนีโอซีอ้อนเองก็ต้องการพลังของเฟเนกซ์เช่นกัน การปะทะกันเพื่อชิงนกอมตะจึงกลายเป็นเรื่องที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ และศึกที่มีพลังลึกลับของไซโคเฟรมเป็นจุดร่วมจึงเริ่มต้นขึ้นอีกครั้ง
