"ทุ่นแปซิฟิก" อาคารใต้ทะเลที่สร้างขึ้นในอ่าวของเกาะฮะจิโจของโตเกียวเพื่อเชื่อมต่อกล้องวงจรปิดของตำรวจทั่วโลก วิศวกรจากประเทศต่าง ๆ มารวมตัวกันที่นั่นด้วยจุดประสงค์ในการเชื่อมต่อเน็ตเวิร์กในความควบคุมของยูโรโพล (องค์กรตำรวจของยุโรป) เพื่อใช้งานจริง และที่นั่นยังดำเนินการทดสอบ "เทคโนโลยีใหม่" ซึ่งจะนำไปประยุกต์ใช้ในระบบยืนยันใบหน้าอีกด้วย
อีกด้านหนึ่ง แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับคำเชิญจากโซโนโกะให้มาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกจินฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันรู้สึกสังหรณ์ใจไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่คุโรดะ เฮียวเอย์ และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสารอยู่มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย "ทุ่นแปซิฟิก" แล้วลอบเข้าไปในตัวอาคาร และแล้วก็เกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอซึ่งบันทึกข้อมูลบางอย่างยังตกอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเล และแล้ว เงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ
