ฤาคำพยากรณ์จะเป็นจริง? เป็นไรไปเพื่อพรุ่งนี้สงครามจะได้จบสิ้น? คุ้มค่ามิใช่หรือที่เราจะสู้? คุ้มค่ามิใช่หรือที่จะตาย? โธมัส "นีโอ" แอนเดอร์สัน (คีอานู รีฟส์) ตัดสินใจครั้งใหญ่หลวง เมื่อเขาเลือกที่จะตั้งคำถามเดียวกับที่ มอร์เฟียส (ลอว์เรนซ์ ฟิชเบิร์น) และ ทรีนิตี้ (แครี่-แอน มอส) เคยถามมาแล้วก่อนหน้าเขา ในการค้นหาและยอมรับความจริง เพื่อปลดปล่อยจิตใจของเขาจาก เมทริกซ์
ทุกอย่างเริ่มต้นด้วยทางเลือก... ในครั้งนี้ ซึ่งเป็นองก์ที่สองของ Matrix นีโอต้องแสดงพลังที่เหนือธรรมดาของเขา อย่างหนักหน่วงยิ่งขึ้น เมื่อไซออนตกอยู่ในวงล้อมของการโจมตีโดยกองทัพเครื่องจักร พวกเขาเหลือเวลาเพียงอีกไม่กี่ชั่วโมงเท่านั้น ก่อนที่ยานเซ็นทิเนลจำนวน 250,000 ลำ ที่ถูกกำหนดมาให้ทำลายมนุษยชาติ จะเข้ามาถึงดินแดนส่วนน้อยแห่งนี้ แต่ประชากรแห่งไซออน ซึ่งได้รับกำลังใจจากความยึดมั่นในจิตใจของมอร์เฟียสที่ว่า เทพยากรณ์จะเป็นจริง ดังที่ถูกทำนายไว้ และหนึ่งเดียว จะเป็นผู้จบสงครามกับเครื่องจักร ทุกคนฝากความหวังทั้งมวลไว้กับนีโอ ผู้ซึ่งติดข้องอยู่กับการคาดคะเนอันสับสน ในขณะที่ค้นหาวิธีการตอบโต้
เราไม่อาจมองเห็นผ่านทางเลือกที่เราไม่รู้... นีโอและทรีนิตี้ ซึ่งต่างฝ่ายยิ่งทวีความรักต่อกัน และเชื่อมั่นในตนเองมากขึ้น ได้เลือกที่จะกลับไปยังเมทริกซ์พร้อมกับมอร์เฟียส และปลดปล่อยคลังอาวุธ กับความสามารถที่ไม่ธรรมดาของพวกเขา ในการต่อสู้กับระบบที่กดขี่และแสวงผลประโยชน์ส่วนตน แต่ที่นั่นยังมีผู้ทรงอำนาจแห่งเมทริกซ์ ซึ่งหักล้างด้วยทางเลือกที่เต็มไปด้วยเพทุบาย โดยเลี่ยงความรับผิดชอบทั้งปวง ในขณะที่คอยป้อนความเป็นจริงแห่งอารมณ์ให้ผู้อื่น
ทางเลือกเป็นภาพลวงตา ระหว่างผู้มีอำนาจและผู้ที่ไร้ซึ่งอำนาจ... ในขณะเดียวกัน ยังมีผู้ถูกเนรเทศอย่าง สายลับสมิธ (ฮิวโก้ วีฟวิ่ง) ผู้ซึ่งสายสัมพันธ์อันเหนียวแน่นกับนีโอ ผลักดันให้เขาขัดขืนต่อระบบ ที่เรียกตัวเขามาเพื่อกำจัดทิ้ง เขาถูกขับเคลื่อนโดยความเป็นมนุษย์ที่เขาเคยชัง และสมิธจะผลาญทุกอย่างที่อยู่ในวิถีทางของเขา ในการสืบเสาะเพื่อการแก้แค้น
อะไรคือสิ่งที่ผู้มีอำนาจต้องการ?อำนาจที่มากขึ้น... ในการเดินทางที่ไม่น่าไว้ใจเพื่อเข้าสู่โครงสร้างของเมทริกซ์ และบทบาทสำคัญของเขา ที่มีต่อชะตาแห่งมนุษยชาติ นีโอจะได้พบกับการต่อต้านที่ยิ่งใหญ่ขึ้น และความจริงที่ยิ่งใหญ่กว่า และทางเลือกที่ไม่อาจเป็นไปได้ยิ่งกว่าที่เขาคาดไว้
คุณไม่ได้มาที่นี่เพื่อหาทางเลือก คุณได้เลือกแล้ว คุณมาที่นี่เพื่อหาคำตอบว่าทำไมจึงเลือก...ในการบรรจบกันของความรักและความจริง, ศรัทธาและความรู้, จุดหมายและเหตุผล นีโอต้องเดินตามทางสายที่เขาเลือกแล้ว "ถ้าผมทำไม่ได้?" เขาถาม "หากผมล้มเหลว?"
ไซออนจะล่มสลาย
